원으로 사용하는 것은 종교용으로 직접 주된 용도로 사용하는 것이라 할 수
없어 취득세 및 등록세 추징대상입니다.
<교회 주장>
교회(청구인)가 교회예산으로 해외선교와 국내선교 등에 지원하고, 교회공간
을 주민들에게 유치원 입학식ㆍ교육장소 등으로 제공하여 왔으며, 평소 공간
이 더 필요하였던 교회가 청구외 ○○○가 ○○유치원으로 사용해오던 이 사
건 부동산을 건물 소유자인 청구외 ○○○으로부터 취득한 후, 청구외 ○○
○와 이 사건 부동산을 주일과 토요일은 청구인 교회가 사용하고 월요일부
터 금요일까지는 유치원에서 사용하는 것으로 협약하여 사용하고 있었습니
다.
이는 청구외 ○○○의 어려운 가정형편을 감안하여 교회가 사용하지 않는 시
간을 사용하도록 배려하는 것으로, 교회의 설립취지와 목적에 부합되고, 또
한 유아교육은 수익사업으로 볼 수 없고, 청구외 ○○○가 무상임차하여 비
영리목적으로
○○유치원을 운영하고 있으며, 이는 교회정관상의 교육에 해
당되고, 일부 학생의 학비를 지원하고 있으므로 종교용으로 사용하는 것으
로 처분청이 부과 고지한 취득세 2,717,170원, 농어촌특별세 202,780원, 등
록세 4,100,640원, 지방교육세 764,800원, 합계 7,785,390원(가산세 포함)
을 취소해야합니다.
<행정자치부 판단>
처분청의 지방세담당공무원이 2006. 11. 1 현지출장하여 복명한 “감면현황조
사서”에 의하면, 청구외 ○○○가 ○○유치원으로 이 사건 부동산을 사용하
고 있음을 알 수 있고, 교회가 제출한 “2006년도 ○○유치원 세입세출예산
서”에 의하면, 세입예산명세서에서 입학금 1,400천원, 수업료 73,440천원을
계상하고 있고, 세출예산명세서에서는 인건비 65,533천원, 관리운영비 9,050
천원을 계상하고 있는 사실을 알 수 있으므로 이러한 사실들은 이 사건 부동
산을 청구외 ○○○가 사용하는 것으로 판단하였습니다.
한편, 교회가 제출한 협약서 및 사진에 의하면 청구외 ○○○와의 협약에 따
라 이 사건 부동산을 일시적으로 주일예배, 유ㆍ초등부 교육장소 등에 사용
되고 있는 것으로 보이나,
이러한 사실들은 교회가 이 사건 쟁점부동산을 종
교단체의 사업에 직접적이고 주된 용도로 사용하는 것이라 할 수 없고 청구
외 ○○○가 유치원 용도로 사용하는데 있어 부가적으로 사용하는 것으로 보
아야 하고, 또한 청구외 ○○○가 무상으로 사용한다고 하여 교회가 사용하
는 것으로 간주할 수도 없다 할 것입니다.
따라서, 지방세법 제107조 및 제127조 단서규정에서 취득세 등의 비과세대상
에서 제외하는 취득 또는 등기일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도
에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직
접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 경우에 해당된다 할 것이므로
처분청이 이미 비과세한 이 사건 부동산에 대한 취득세 등을 부과고지한 처
분은 잘못이 없는 것입니다. (행심2007-223, 2007.04.30)
