고유목적사업에 직접 사용한 부동산을 양도하는 경우

법인으로 승인받기 전 취득하여 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정
된 고유목적사업에 직접 사용한 부동산을 양도하는 경우 동 소득은 수익사업
에서 생기는 소득에서 제외되는 것입니다 

[질의]
담임목사 명의로 취득한 후 계속하여 고유목적사업에 사용하던 교회건물과 
토지를 납세번호등록(개인)을 한 후 교회명의로 증여로 인한 등기를 하고 등
기 후 법인으로 보는 단체로 승인을 받아 고유번호증을 받은 비영리단체인 
교회가 증여받은 토지를 타인에게 양도하는 경우 고정자산의 처분일 현재 3
년 이상 고유목적사업에 사용 여부를 판단할 때 당초 취득일을 기산일로 보
아야 하는지 아니면 법인으로 보는 단체로 승인받은 날을 기산일로 보아야 
하는지 묻고 싶습니다.
– 2001.11. 9 교회로 사용하는 토지와 건물을 취득하여 교회 담임목사 명
의로 등기함
– 2003. 4.16 수원세무서에서 납세번호증 교부(개인) 받음
– 2004. 3. 9 교회건물과 부속 토지를 대한예수교장로회 ○○교회에게 증
여를 
원인으로 하는 등기함
– 2005.12. 9 수원세무서에서 고유번호증 교부(법인으로 보는 단체) 받음
– 2007. 3. 교회건물과 부속 토지를 타인에게 양도하고자 함

[답변]
1.「국세기본법」제13조 제2항에 의하여 법인으로 승인받은 법인격없는 단체
(수익사업을 영위하지 아니함)가 법인으로 승인받기 전에 취득하여 처분일 
현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용
한 부동산을 양도하는 경우, 당해 소득은「법인세법」제3조 제2항 및 같은
법 시행령 제2조 규정에 따라 수익사업에서 생기는 소득에서 제외되는 것입
니다. (사건번호 서이-78, 2007.1.11)
2. 유사한 경우에 적용될 수 있는 관련법령 및 유사사례(서이46012-11645, 
2003.9.16. 외 1건)를 참고하기 바랍니다.

◇ 참고예규: 
1. 서이46012-11645(2003.9.16.)
「국세기본법」제13조 제2항에 의하여 법인으로 승인받은 법인격없는 단체
(수익사업을 영위하지 아니함)가 법인으로 승인받기 전에 취득하여 처분일 
현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용
한 부동산을 양도하는 경우, 당해 소득은「
법인세법」제3조 제2항 및 같은
법 시행령 제2조 규정에 따라 수익사업에서 생기는 소득에서 제외되는 것임.
2. 서이-2152(2006.10.25.)
「국세기본법」제13조 제2항 및「법인세법 시행령」제2조 제2항에 의하여 
법인으로 승인받은 법인격없는 단체가 “고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계
속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접사용”하였는지 여부를 
판단함에 있어 『법인격없는 단체가 법인으로 승인받기 전에 취득한 부동
산』을 처분하는 경우 법인으로 보는 단체로 승인받기 전부터 사실상 고유목
적사업에 직접사용한 때에는 고유목적사업에 사용한 날부터 기산하는 것임.

부천평안교회 이근재집사
경영지도사<교회세금119>
kj3669@naver.com