공공용지로 수용되어 보상받은 교회 재산의 양도소득세

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대한주택공사에 공공용지로 수용되어 보상받은 교회 재산의 양도소득세(질
의) 

[질문] 
1. 토지의 취득과 이용 및 양도경위 과세예고 통지 
□ 우리교회는 2000. 2. 10 ○○교회라는 명칭으로 단체를 설립하여 목
회 활동 중 ① 2002. 5. 2 파주시 교하지역에 토지를 취득 동 지상에 교회
를 신축하여 종교 활동을 하던 중, 2005. 10. 20 관할세무서에 “법인으로 
보는 단체”로 신청하여 그 승인을 받았으며(예시 : ○○○-82-○○○○○)
이후, ③ 2005.12.22 위 토지는 대한주택공사에 공공용지로 금9억8천만원에 수용된 후 위 보상금은 교회 이전을 위한 토지매입과 교회신축 비용으로 전액 사용되었습니다. 

2009. 3. 15 관할 세무서는 위 토지에 대한 양도세 무신고를 이유로 취득과 
양도가액을 기준시가로 하여 약 1억원에 해당하는 양도소득세를 부과하겠다
는 통지를 받았습니다.(취득가격 1억8천만원/양도가격 4억2천만원) 

2. 질의요지 
□ 우리교회는 소관세무서에 사업자등록증 교부신청 시 법인으로 신청하
여 그 승인을 받았으므로, 비영리법인으로 보아 위 토지 명의가 ○○○목사
의 개인 명의로 등기되었다고 하나 실질적인 소유자는 우리교회인바, 종교법
인이 고유목적으로 3년 이상 사용 후 처분할 경우 비과세 규정이 적용 되는
지 묻고 싶습니다. 

□ 위 과세예고 통지에 대하여 과세전적부심사청구 등을 할시 기준시가
로 하지 않고 실지보상가액인 9억8천만원으로 산정하여 양도소득세를 과세
할 수도 있다고 하였으나 
– 부동산의 양도시기가 2005.12.22- 
– 실거래가로 신고하여야 할 지역이 아니며 특히 공익사업용지로 수용되었고 
– 취득가액을 확인할 수 없어 기준시가로 적용하였으므로, 

단지, 세무관서의 과세행위에 불복하였다는 이유로 기준시가로 과세한 양도
소득세를 수용보상된 금액 금9억8천만원으로 할 수 있는지요. 

– 실질적으로 교회로 사용되었다는 입증은 어떠한 방법으로 하여야 하는지요. 

[답변] : <국세청고객만족센터,2009.04.06>
귀 질의의 경우 토지의 소유주가 개인인지, 법인인지를 우선 확인하여
야 할 것으로 보입니다.

토지의 소유주가 
개인인 경우에는 양도소득세가 적용되는 것이며 토지의 소
유주가 공부상 명의와 달리 법인임을 입증하는 경우에는 법인세를 적용하는 
것입니다.

[법인세 분야] :
토지의 소유주가 법인임을 입증하는 경우에는 법인세법 시행령 제2조 제2항
에 의하여 ‘부동산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법인의 고유목적사업에 
직접 사용한 것은’ 법인세가 과세되지 않는 것입니다.

[양도소득세분야] : <토지의 소유주가 개인인 경우 기준시가 또는 실가 적
용 관련>
2007. 1. 1. 이후에 부동산을 양도하는 경우에는 양도 및 취득가액은 기준시
가가 아닌 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 신고납부 하는 것이며, 실지
거래가액에 의한 양도차익을 계산함에 있어 실지거래 취득가액, 양도가액이
라 함은 취득, 양도당시 거래당사자간에 실지거래된 가액으로서 매매계약
서, 영수증 등 기타 증빙서류에 의하여 확인되는 것을 말하는 것이며, 실지
거래가액이라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 
실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액
을 의미 합니다.