고유목적사업에  사용하지 않은 부동산의 양도로 소득이 발생한 경우

법인세-수익사업을 영위하지 않는 비영리내국법인인 교회가 고유목적사업에 
사용하지 않은 부동산의 양도로 소득이 발생한 경우 법인세로 신고하는 것임

[사실관계]
대한예수교장로교(합동) 소속 ○○교회에서 부동산을 3천만원에 매입하여 4
년 경과 후에 1억원에 매도하여 양도차익이 7천만원 발생하여 자진 납부하고
자 함. 동 부동산은 비사업용토지이며, 고유번호증을 발급받았고, 부동산은 
교회 명의로 등기되어 있음.

[질의]
이 경우 소득세로 신고 납부하여야 하는지, 법인으로 신고하여야 하는지.

[회신]
귀 질의와 같이 수익사업을 영위하지 않는 비영리내국법인인 교회가 고유목
적사업에 사용하지 않은 부동산의 양도로 인하여 발생하는 소득이 있는 경우
에는「법인세법」제60조 제1항의 규정에 따라 법인세로 신고하거나,「소득세
법」제92조의 규정을 준용하여 소득세로 신고할 수 있는 것임. (서면2팀-
861, 2008.05.07) 

이와 관련된 기존 해석사례(서면2팀-111, 2007
.1.15,서면2팀-2168, 
2006.10.26.)를 참조하기 바람.

◇참고예규: 1. 서면2팀-111(2007.1.15.)
「법인세법」제3조 제2항 제1호의 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인
이 매입한 부동산을 종교단체의 고유목적사업으로 사용하던 중 3년 이내에 
양도하는 경우에는 같은법 제60조 및 제62조의 2의 규정을 선택하여 적용할 
수 있는 것이며, 제62조의 2의 규정을 적용할 경우에는 같은조 제4항에 의해
「소득세법」제96조, 제97조, 제98조 및 제100조의 규정을 준용하여 양도차
익 등을 계산하는 것임.

◇참고예규: 2. 서면2팀-2168(2006.10.26.)
「법인세법」제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하지 아니하
는 비영리법인이 같은법 제62조의 2 제1항 각호의 자산양도소득이 있는 경우
에는 같은법 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니
할 수 있으며, 법인세과세표준 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대해서는
「소득세법」제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에「소득세법」제104
조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하는 것임.