3년 이상 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생긴 수입 과세 여부

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고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정
자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 법인세가 과세되지 않습니

[질문]
국세기본법 제13조 제2항의 규정에 따라 관할세무서로부터 법인으로 보는 단
체로 승인받은 공익법인에 해당하는 비영리내국법인인 교회가 2002년 1월 1
일 이후 교회부동산을 양도하는 경우로서 3년 이상 고유(종교)목적에 직접 
사용하면 100% 비과세되는지 묻고 싶습니다.

– 법인세법 제3조 제2항 각호의 수익사업이 있는 경우에 해당 양도차익에 
대하여 법인세로 신고 납부하는지.
– 법인세법 제3조 제2항 각호의 수익사업이 없는 경우에 해당 양도차익에 
대하여 법인세로 신고하는 방법과 자산양도소득에 대한 과세특례를 적용하
여 법인세 신고하는 방법 중 선택하여 신고하는지.
– 3년 이상 고유(종교)목적에 직접 사용하여야 하는 기간을 충족시키면 
100% 비과세되는지.

[답변]
「국세기본법」제13조 제2항의 법
인으로 보는 단체로 승인받은 비영리법인
인 교회가「법인세법」제3조 제2항 각호에 의한 수익사업을 영위하지 아니하
면서 보유중인 부동산을 양도하는 경우에는 같은법 제60조 및 제62조의 2의 
규정을 선택하여 적용할 수 있는 것이나, 고정자산 처분일 현재 3년 이상 계
속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처
분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 법인세가 과세되지 않는 것입니다.

귀 질의의 경우 해당 부동산이 고유목적사업에 직접 사용된 현황 등 사실관
계를 종합적으로 검토하여 판단하는 것입니다.(서이-1841, 2005.11.18) 

부천평안교회 이근재집사 (kj3669@naver.com) 
저서: ①알기쉬운 교회세금(쿰란출판사,2007년 6월 1일 출간) 
②교회세무(도서출판 코람데오,2005년 8월 19일 출간)