교회가 무상으로 증여받은 재산을 미사용하고 매각한 경우

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교회 세무 

교회가 무상으로 증여받은 재산을 미사용하고 매각한 경우 증여세 및 법인세
가 각각 과세되며 법인세로 신고할 경우 양도차익을 증여세 과세가액에 산입
되지 않았으면 출연자의 당초 취득가액을 당해 비영리법인의 취득가액으로 
합니다

[질의] 
공익법인(교회)이 출연받은 날로부터 3년 또는 4년 이내에 출연받은 재산을 
미사용하고 매각한 경우 ①증여세가 과세됨과 동시에 매각함에 따른 양도차
익이 발생하면 ②법인세가 동시에 중복 부과되는지 묻고 싶습니다. 

[답변]
상속세및증여세법 제48조 제1항ㆍ제2항 및 같은법시행령 제12조의 규정에 의
한 공익법인이 재산을 출연받아 그 출연받은 날로부터 3년 이내에 직접 공익
목적사업에 사용하는 경우에는 증여세가 과세되지 아니하는 것이나. 직접공
익목적사업 외에 사용하거나 또는 출연받은 날로부터 3년 이내에 직접 공익
목적사업에 사용하지 아니하는 경우 공익목적사업 외에 사용한 날 또는 3년
이 경과하는 날을 증여시기로 하여 증여
세가 과세되는 것입니다. 

또한 공익법인이 출연받은 재산을 출연받은 날로부터 3년이 경과하기 전에 
매각한 경우에는 상속세및증여세법 제48조 제2항 제4호 및 같은법시행령 제
38조 제4항ㆍ제7항의 규정에 의하여 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 
재산을 포함하되, 당해 자산매각에 따라 부담하는 국세 및 지방세를 제외함)
을 매각일이 속하는 사업연도 종료일부터 1년 이내 30%, 2년 이내 60%이상
을 직접 공익목적사업에 사용하지 아니하는 경우 같은법 제78조 제9항의 규
정에 의하여 그 사용하지 아니한 금액의 10%에 상당하는 금액의 가산세가 부
과되는 것이며, 3년 이내에 90%이상을 사용하지 아니한 경우 그 미달사용액
에 대하여 증여세가 부과되는 것입니다. 

(법인세 과세여부)
법인세법 제3조 제2항 제5호 및 시행령 제2조 제2항에 의하여 고정자산처분
일 현재 당해 비영리법인의 고유목적사업에 3년이상 직접 사용한 자산을 처
분한 경우에는 비영리법인의 수익사업에 해당되지 않아 법인세가 과세되지 
않습니다.

즉, 고유목적사업에 3년미만 사용하거나 고유목적사업에 사용하지 않을 경우
에는 법인세가 과
세되며 이 경우 법인세법 제62조의 2에 의해 자산양도소득
을 소득세법을 준용하여 법인세로 신고할 경우(즉, 자산처분소득만 있고 부
동산임대 등 수익사업이 없을 경우) 양도차익을 산정함에 있어 취득가액은 
증여세과세가액에 산입되지 않았을 경우에는 출연자의 당초 취득가액을 당
해 비영리법인의 취득가액으로 하나 추후 3년이내 미사용 등으로 증여세과세
가액에 산입되는 경우에는 그러하지 아니합니다. 

아울러, 법인세법 제62조의 2 제2항에 의해 비영리법인의 고정자산 양도차익
에 대해 가중세율이 적용될 경우에는 법 제55조의 2의 토지 등 양도소득에 
대한 과세특례를 적용하지 않습니다.