이근재의 교회와 세금(37) – 양도소득세의 납세의무는 교회에

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교회의 담임목사로서 부동산등기부등본상 교회의 대표자로 등재되어 있더라
도 양도소득세의 납세의무는 교회에 있는 것인바 담임목사 개인에게 양도소
득세를 부과한 것은 부당한 것입니다

[과세이유]
○○교회는 2005. 8. 4 대지 156㎡를 양도하였는데, 법정신고 기한 내에 양
도소득세 신고를 하지 아니하였다하여 ○○세무서장은 2006. 7. 14 교회의 
대표자인 담임목사에게 2005년 귀속 양도소득세 16,291,340원을 결정ㆍ고지
하였습니다.

○○세무서장은 ○○교회가 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 
법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체로서 등기한 적도 없
으며, ○○교회는 쟁점 토지의 양도 후인 2006. 1. 4 에야 “법인으로 보는 
단체 승인신청서”를 제출하여 2006. 1. 13 ○○세무서장으로부터 이에 대한 
승인을 받았으므로, 2005. 8. 4 양도당시를 기준으로 ○○교회를 소급하여 
법인으로 보아야 하는 것이 아니기 때문에「소득세법」상 거주자로 보아 교

회의 대표자인 담임목사 개인에게 과세한 것입니다.

[사실관계 판단 및 결론]
결국 납세의무자는 “○○교회” 자체이지 “교회의 대표자인 담임목사” 개인
이 아니라 할 것인데, ○○세무서장의 양도소득세 결정결의서 및 납세고지
서 등을 살펴보면, 납세의무자의 성명란에 “교회의 대표자인 담임목사 원○
○”이 기재되어 있고 주민등록번호란에도 담임목사의 주민등록번호가 기재되
어 있었습니다.

과세처분의 대상이 교회가 아니라 재직 중인 교회의 대표자인 담임목사 개인
에게 이루어진 것이 확인되는바, 비록 교회의 대표자인 담임목사로서 쟁점 
토지의 부동산등기부등본상 ○○교회의 대표자로 등재되어 있더라도 양도소
득세의 납세의무는 ○○교회에 있는 것이므로, 납세의무가 없는 교회의 대표
자인 담임목사 개인에게 부과된 과세처분에 잘못이 있다고 결정하였습니다.

따라서 국세심판원의 심리결과 ○○교회의 대표자인 담임목사의 주장은 이
유 없으나, 양도소득세는 ○○교회의 대표자인 담임목사가 납세의무자가 아
니므로 ○○세무서장이 2006. 7. 14 ○○교회의 대표자인 담임목사에게 한 
2005
년 귀속 양도소득세 16,291,340원의 부과처분을 취소 결정하였습니다. 
(사건번호: 국심2006중3982, 2006. 12. 27)