이근재의 교회와 세금(15) – 재임대 건물의 취득세

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재임대 건물의 취득세 과세여부

임대중인 건물을 교회가 취득한 후 재 임대하는 경우 취득세 등이 추징됩니

[질의]
교회가(비영리단체)가 종교목적으로 사용하기 위하여 취득당시 임대중인 부
동산을 취득(소유권 이전등기)하면서 취득세와 등록세를 비과세 받고 ①임대
차기한 만료 후에 교회 종교목적에 직접 사용하는 경우와 ②임차인 및 교회 
사정에 의해 교회가 동 부동산을 사용하지 못하고 임차기간을 연장하여 주었
을 경우에 취득세 및 등록세가 추징되는지 알고 싶습니다.

[답변]
종교목적에 직접 사용하기 위하여 교회가 부동산(토지,건물)을 취득하고, 3
년 이내에 정당한 사유없이 직접 사용하지 아니하는 경우에는 그 해당부분
에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과하도록 규정하고 있습니다.

질문①의 경우와 같이 취득당시 임차인에게 임대 중이었으므로 유예기간(3
년) 내에 사용하지 못하는 정당한 사유가 있었고, 임대차 기한 만료 후 즉
시 교회가 종교목적에 사용한 경우라면 정당한 사유가 있다
고 인정되어 취득
세와 등록세가 추징되지 아니하는 것입니다. 

여기서 정당한 사유에 해당되는지 여부는 법령에 의한 금지. 제한 등 교회
가 마음대로 할 수 없는 외부적 사유 등의 검토와 함께 과세권자가 사실관계
를 조사하여 판단할 사항이며, 관련 법규는 지방세법 제107조 단서 규정입니
다. (행정자치부 전자민원, H013717, 2005.11.18)

질문②의 경우와 같이 교회가 임대 중인 부동산의 임차계약 기간이 끝난 후 
다시 재계약을 하는 경우에는 취득일부터 3년 이내에 직접 사용하지 않는 것
으로 보아 비과세한 취득세와 등록세는 즉시 추징되는 것입니다. 

이러한 사례(질문②)는 상당히 많은 교회에서 발생하고 있으므로 반드시 임
대 중에 취득한 부동산의 경우에는 무조건 임대차 계약이 만료됨과 동시에 
교회가 종교목적에 사용하여야만 추징되지 않습니다.

그리고, 취득 후 취득세 및 등록세 등을 비과세 받고 제3자에게 먼저 임대하
는 경우에도 추징대상이 되는 것이나, 2년 이상 사용한 후 제3자에게 임대
한 경우에는 추징대상이 되지 아니합니다. 

이근재 집사(부천평안교회), 경영지도사
kj3669@naver.co
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저서: 교회세무(도서출판 코람데오)