건축기간도 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용한 기간에 포함되 는지 여부

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법인세-건축기간도 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용한 기간에 포함되
는지 여부(질의) 

[사실관계]
공익법인인 교회가 증여로 취득한 건물을 3년간 고유목적사업에 사용하던 
중 자체 신축계획에 따라 건물 멸실 신고를 한 후 건축허가를 받아 1년 동
안 신축공사하고 건물 사용승인을 받았습니다.

<관련법령>
법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】② 법 제3조 제2항 제5호에서 
“대통령령이 정하는 것이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 
계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 
수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것이라 하였습니다.

[질의]
건물 사용승인을 받은 후 교회 건물로 직접 고유목적사업에 6개월동안 사용
하고 매각하게된 경우 건물 멸실일로부터 신축건물 사용승인일까지의 건축기
간도 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사
업에 토지와 건물이 각각 직접 사용한 기간에 포함될 수 
있는지 묻고 싶습니
다.

[답변]
귀 질의와 관련한 해석사례는 없으나, 법인세법 시행령 제2조 제2항의 규정
에 의하여 “처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 
것”에 한하여 과세대상에서 제외하고 있으므로, 건축기간은 비영리법인의 고
유목적사업에 직접 사용하지 않은 것으로 판단하는 것이 타당하다 생각됩니
다. (국세종합상담센터 인터넷상담사례 517330,2008.05.20)

◇ 참고판례(국심2007전4978, 2008.03.20) 
법인세법 제3조 제2항 등의 규정에 따르면 3년 이상 비영리법인의 고유목적
사업에 직접 사용하지 아니한 고정자산을 처분하여 발생하는 수입은 법인세 
과세대상이 되는 것이고, 비영리법인인 ○○교회가 2005년 8월 23일 취득한 
토지상에 교회건물을 신축하여 사용하다가 1년 이내인 2006년 5월 22일 쟁
점 부동산을 양도(수용)한 경우, 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사
용하지 아니한 것이므로 정당한 사유여부에 불구하고 양도로 인하여 생기는 
수입은 과세대상에 해당되는 것인 바, 부동산의 양도로 인하여 발생한 수입
을 법인세 과세대상으로 보아 ○○교회의 
경정청구를 거부한 처분은 잘못이 
없는 것으로 판단된다.