교회가 주무관청에 개별등록을 하지 않았을때

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법인세-개별교회는 주무관청의 등록된 사실이 없어 이자소득에 대한 원천징
수액을 환급받을 수 없습니다

[사실관계]
(사)한국기독교총연합회의 산하 가맹교단인 대한예수교장로회 총회의 회원교
단으로 소속되어 있는 개별교회가 관할세무서장으로부터 법인으로 보는 단체
로 승인을 받았으나 주무관청에 개별등록은 하지 않았습니다.

[질문]
법인으로 보는 단체에 해당하는 교회가 고유목적사업준비금 손금산입대상이 
되기 위해서는 반드시 주무관청에 개별등록을 하여야 하는지 묻고 싶습니다.

[답변]
법인으로 보는 단체에 해당하는 비영리내국법인의 경우 법인세법시행령 제56
조 제1항에 규정하는 단체에 한하여 같은법 제29조(고유목적사업준비금의 손
금산입)의 규정을 적용받는 것입니다.(법인세제과-279, 2006.04.11)

이와 관련하여 관련법령인「법인세법」제29조 제1항, 같은법 시행령 제56조 
제1항 및 제36조 제1항 제1호 마목 등의 규정에 의하면, 법인으로 보는 비영
리법인의 경우
, 2001.12.31. 사업연도 이전까지는 고유목적사업준비금을 손
금산입할 수 있는 대상 법인의 범위에 “종교의 보급 기타 교화에 현저히 기
여하는 사업”을 운영하는 단체를 포함하고 있어서 주무관청에 등록되지 아니
한 종교단체도 고유목적사업준비금을 손금산입할 수 있었으나, 2001.12.31. 
법률 제6558호 등에 의한 위 법령의 개정으로 2002.1.1. 이후는 “종교의 보
급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체”에 한하여 고유
목적사업준비금을 손금산입할 수 있도록 그 대상을 제한적으로 규정하고 있
습니다.

따라서,개별교회는 법인으로 보는 단체에 해당하는 종교법인에는 해당하나 
주무관청에 등록된 사실이 없고, 단지 원천징수 등 납세편의를 위한 비영리
법인의 사업자등록 사실만으로 주무관청에 등록된 단체로 인정할 수 없어 개
별교회의 이자소득에 대한 원천징수세액 환급신청을 거부한 처분은 잘못이 
없는 것입니다. (국심2006서3179, 2006.09.02)

부천평안교회 이근재 안수집사 (kj3669@naver.com) 
알기쉬운 교회세금 (쿰란출판사,2007년 6월 1일 출간) 
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