교회 부동산을 일부 임대해 사용할 경우 비과세 여부

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교회 부동산을 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용한 경우 양도차익에 대하
여 법인세가 과세되지 않으며, 일부 임대에 사용하였다면 면적에 따라 안분 
계산하여 비과세여부를 결정합니다

[질의] 
저희 교회는100년 역사를 가진 교회인데 금번에 재개발로 부득이하게 교회건
물 등 일체를 양도해야할 처지에 있습니다. 

문제는 2004년도에 선교복지관 운영을 목적으로 교회 옆 빌라를 매입하였는
데 자금문제로 일부만 선교(교회 사택 및 교육관)목적에 사용하고 나머지는 
부득이하게 그대로 전세나 월세를 주고 있습니다. 

만약 이 부분에 대한 양도로 차액이 발생하게 된다면 양도소득세가 부과 되
는지요 

[답변] 
종교단체 또는 개인 등이 운영하는 교회가 그 종교의 보급과 기타 교화를 목
적으로 사용하던 개인 소유의 토지, 건물을 양도하는 경우에는 양도소득세
가 과세되는 것으로, 귀 상담의 경우 당해 부동산이 개인소유인지 또는 법인
(또는 법인으로 보는 단체)소유인지의 여부는 사실 조
사하여 판단할 사항입
니다. (국세종합상담센터 인터넷상담사례 412884,2007.04.16)

그리고 교회가 국세기본법상의 법인으로 보는 단체에 해당하는 경우에 한하
여 고유목적사업에 직접 사용한 경우 양도차익에 대하여 법인세가 과세되지 
않으며, 일부 임대에 사용하였다면 면적에 따라 안분 계산하여 비과세여부
를 결정하여야 합니다.(국세종합상담센터 인터넷상담사례 
254820,2005.12.09)

◆ 참고예규
– 「민법」제32조의 규정에 의하여 설립된 종교법인, 「국세기본법」 제13조
의 규정에 의한 법인으로 보는 종교단체 또는 개인 등이 운영하는 교회가 
그 종교의 보급과 기타 교회를 목적으로 사용하던 개인 소유의 토지ㆍ건물
을 양도하는 경우 동 부동산의 소유자에게 양도소득세가 과세되는 것입니다.
(서면4팀-2532, 2005.12.19) 

법인격 없는 사단은 법인격 없는 재단과는 달리 주무관청의 허가를 받아 설
립된 것이 아니라면 세법의 적용에 있어서 법인으로 볼 수 없고(대법원 
1999. 9. 7 선고, 97누 17261 판결 참조), 법인격 없는 사단인 종교단체에 
대하여도 달리 해석되지 않는다고 할 것으로 주무관청의 허가를 
받아 설립
된 교회가 아닌 경우 교회(토지 또는 건물)의 양도로 인하여 발생하는 소득
에 대하여는 교회를 1거주자로 보아 양도소득세가 과세되는 것입니다. 

부천평안교회 이근재집사
경영지도사<교회세금119>
kj3669@naver.com