이근재의 교회와 세금(25) – 교회 부동산 매각 과세 정당

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교회 부동산 매각 이익금에 대해 
양도소득세 추징세액 과세 정당하다
(국세심판원 국심 2006중2318, 2006. 8. 29.)

『국세심판원은 개별교회가 소유하고 있는 부동산 소유자 명칭이 개인 명의
로 등재되어 있거나, 교회 명의로 등재되어 있더라도 관할세무서로부터 교부
받은 고유번호 가운데 숫자 2자리가 법인성격 코드인 “82”번이 아니어서 
처분청이 양도소득세를 추징한 것은 정당하다는 결정사례입니다』 

<사 실 관 계>
○○○에 소재한 ○○○(이하 “청구교회”라 한다)는 2005.2.28. ○○○ 임
야 합계 1817㎡ 및 같은동 ○○○ 소재 종교용지 33㎡(이하 “쟁점토지”라 
한다)을 ○○○에 양도한 후, 2005년 귀속 양도소득세를 신고하지 아니하였
습니다.
처분청은 청구교회를 소득세법 제1조의 “거주자”로 보아 2005.11.1. 청구
교회에 2005년 귀속 양도소득세 141,027,600원을 납부할 것을 고지하였습니
다.
청구교회는 재단법인 ○○○(합신) 산하 ○○○노회 소속으로서 ○○○세무
서장으로부
터 수익사업을 하지 않는 비영리법인의 고유번호증을 부여받았으
므로 법인격을 지닌다고 주장하나, 청구교회는 쟁점 토지를 위 재단법인이 
아닌 청구교회 명의로 등기하는 등 그 운영에 있어서 위 재단법인과는 독립
한 단체이므로 청구교회가 위 재단법인 소속 교회라고 하여 법인격을 가진다
고 할 수 없습니다. 
또, ○○○세무서장이 청구교회에 부여한 고유번호는 비영리 개인사업자에
게 부여하는 성질의 것이며, 청구교회가 위 고유번호증을 부여받았다는 사실
이 청구교회에 법인격이 있다는 근거가 될 수 없고, 청구교회는 달리 청구교
회가 법인격을 갖는다는 사실에 대한 증빙을 제출하지 못하고 있습니다.
<처 분 청 의견>

세무서장이 청구교회에 부여한 고유번호는 비영리 개인사업자번호에 불과하
며, 쟁점 토지를 위 재단법인이 아닌 청구교회 명의로 등기하였으므로 이 
건 양도소득을 법인의 소득으로 볼 수 없습니다. 또한 청구교회는 주무관청
의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사
단·재단 기타 단체에 해당되지 아니하고, 관할세무서장으로부터 법인으로 
보는 단체의 승인을 얻은 
것도 아니므로 청구교회를 “법인으로 보는 단체”
로 볼 수도 없습니다. 따라서 처분청이 청구교회를 “거주자”로 보아 이 
건 양도소득세를 과세한 처분은 타당한 것입니다. 

<국세심판원 판단>
청구교회는 이에 불복하여 2006.1.18. 이의신청을 거쳐 2006.6.27. 이 건 심
판청구를 제기한바 있으나 이 건 심판청구는 심리결과 청구 주장이 이유 없
으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 
같이 심판청구를 기각합니다.

<결 론>
부동산 등기부등본상에 교회 명칭으로 등재되어 있으면 개별교회가 법인인 
것처럼 해석하는 잘못된 선입견을 가지고 있는 것이 사실입니다. “법인으
로 보는 단체”의 승인 신청이 없으면 국세기본법 및 부가가치세법에서는 법
인으로 인정하지 않고 있는 것입니다. 
따라서, 쟁점 토지를 3년 이상 종교목적에 사용하고 양도하기 전까지 고유번
호 89번을 반납하고 82번으로 교부받았으면 양도소득세 과세문제가 되지 않
는 사례인 것입니다.
이와 같이 교회 부동산을 양도하는 경우 소유자가 담임목사 개인 명의로 등
재되어 있거나, 교회 명칭으로 등재되어 
있다하더라도 관할세무서로 교부받
은 고유번호의 가운데 숫자가 “82”번이 아니면 무조건 개인 “거주자”로 
보아 양도소득세를 부과하므로 이점 유념해야 할 것입니다.

이근재 집사(부천평안교회) <교회세금119>,경영지도사 
kj3669@naver.com 
저 서 : 교 회 세 무(도서출판 코람데오 출간)