이근재의 교회와 세금(24) – 고유목적 3년 이상 사용안한 부동산

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공익법인인 교회가 정관에 규정된 고유목적사업에 3년 이상 계속 사용하지 
아니한 부동산 매각에 따른 양도차익은 법인세를 납부하여야 합니다 

본 교회(주무관청에 등록되어 있지 않은 교회임)는 10년 전에 부동산을 매입
하여 교회를 설립하고 현재까지 예배당으로 사용하고 있습니다. 관할세무서
로부터 고유번호증을 교부받아 보관 중이던 고유번호의 가운데 숫자(89번)
가 잘못되어 있는 것을 2005년 8월에 발견하고, 2006년 3월에 국세기본법 제
13조 제2항 규정에 따라 “법인으로 보는 단체의 승인”을 받아 가운데 숫자
(82번)로 새로이 고유번호증을 교부받았습니다. 

[질의] 
본 교회가 법인으로 보는 단체의 승인을 받은 “고유번호(가운데 숫자 82
번)”을 교부받은 날부터 3년이 경과되기 전에 직접 공익목적사업(종교목적)
에 사용하는 교회 부동산(예배당)을 매각하려 하는 경우에 증여세 또는 양도
소득세의 신고, 납부의무가 있는지 묻고 싶습니다. 

[답변]
공익법인
이 출연받은 재산을 매각한 경우 그 매각대금을 매각일이 속하는 사
업연도 종료일부터 1년 이내 30%, 2년 이내 60%이상, 3년 이내에 90%이상을 
직접 공익목적사업에 사용하는 경우 상속세및증여세법 제48조 제2항의 규정
에 의하여 가산세와 증여세가 과세되지 아니합니다.

그럼에도 법인세법 제3조 [과세소득의 범위] 제2항 5호에서 고정자산(고유목
적사업에 직접 사용하는 고정자산(부동산)으로서 대통령령이 정하는 것을 제
외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입은 비영리내국법인의 각 사업연도의 
소득으로 보아 법인세가 과세된다 하였습니다.

그리고 부동산 처분에 따른 양도차익에 대한 과세범위를 법인세법 시행령 제
2조 제2항에서 부동산(고정자산)의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또
는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것은 과세소득의 범위에서 제
외한다고 되어있습니다. 이 경우 고유목적사업에 직접 사용한 날의 기산일
은 고유목적사업에 직접 사용을 시작한 날입니다.

따라서 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용하지 아니한 부동산(고정자
산)의 처분에 따른 양도차익이 발생한 교회(비영리내국
법인)는 위와 같이 수
익사업 또는 수입(이하 ‘수익사업’이라 한다)에서 생긴 소득으로 보아 법인
세와 법 제55조의2 및 제95조의2의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법
인세를 납부할 의무가 있는 것입니다.( 법인세법 기본통칙 3-0…1 )

이근재 집사(부천평안교회) <교회세금119>,경영지도사 
kj3669@naver.com 
저 서 : 교 회 세 무 (도서출판 코람데오 출간)