89번, 80번 고유번호증 가진 교회
부동산 양도시 ‘양도소득세’ 납부해야
교회가 알아야할 세무상식(2) – 고유번호증
질문 : 관할세무서로부터 받는 고유번호증 82번과 80번, 89번의 차이가 무엇
인가요?
답변 : 국세심판원에서는 얼마전 A교회의 양도소득세 불복청구를 기각했습니
다. 이 판결은 A교회에 대하여 양도소득세를 부과한 것이 정당하다는 내용이
며 부동산을 소유한 개별교회로서는 충격적인 판결인 것입니다.
세법상, 교회는 공익사업을 하는 비영리법인에 해당되는데, 비영리법인인 교
회가 부동산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 교회 정관에 규정
된 고유 목적사업(수익사업을 제외)에 직접 사용한 경우 그 부동산의 처분으
로 인하여 생기는 수입에 대하여 과세할 수 없습니다.
그러나 A교회가 부동산의 매각 차익에 대하여 과세되지 않는 요건을 갖추기
위해서 반드시 비영리내국법인에 해당되어야 하는데, A교회의 경우 관할세무
서장은 예배를 목적으로 하는 교인들로 구성된 단체(사단)인 소득세법상의
개인(거주자)으로 보아 양도소득세를 과세한 것입니다.
국세기본법 제13조의 규정을 보면 ‘법인격 없는 단체’는 관할세무서장에게
신청하여 승인을 얻은 경우에 이를 법인으로 본다고 규정되어 있으나, A교회
는 쟁점 부동산 양도 당시 ‘법인으로 보는 단체의 승인신청서’를 관할세무서
장에게 제출한 바 없음이 확인되어 동 규정이 적용될 수 없다는 판결내용이
었습니다.
결국, 관할세무서장로부터 법인으로 보는 단체의 고유번호를 받았다고 A교회
는 주장하였지만, A교회는 부가가치세사무처리규정의 법인으로 보는 단체에
해당하는 ’82’번이 아닌 개인구분코드 종교단체 ’89’번으로 교부받아 담임목
사 개인 거주자로 판결 받음으로써 A교회의 주장을 인정하지 않은 것입니
다.
따라서 개별교회들은 이러한 부당한 양도소득세를 추징당하지 않기 위해 개
별교회 소유의 교회 부동산을 유지재단에 편입하거나, 국세기본법 제13조 제
2항의 규정에 따라 ‘법인으로 보는 단체의 승인신청서’를 관할세무서장에게
제출하여 ‘법인으로 보는 단체’ 승인을 받은 후 3년 이상 고유(종교)목적
에 직접 사용하여야만 억울한 세금을 납부하지 않게 되는 것입니다.
부천평안교회 이근재 집사 kj3669@naver.com
저서 : 교회세무(도서출판 코람데오)
